Гюнтер и национал-социализм.

В 1930 году Гюнтер знакомится с руководством национал-социалистической партии Тюрингии. Следствием этого знакомства явилось создание правительством Тюрингии по специальному распоряжению от 14 мая 1930 года кафедры социальной антропологии в Йенском университете (несмотря на протесты либеральной профессуры) и назначение Гюнтера профессором этой кафедры.

15 ноября 1930 года профессор Ганс Ф. К. Гюнтер прочел свою вступительную лекцию на тему «Причины расового упадка немецкого народа после великого переселения народов». На этой лекции лично присутствовал Адольф Гитлер. После лекции Герман Геринг обратился к собравшейся перед университетом толпе с хвалебной речью в адрес профессора. Уже вечером восторженные студенты устроили факельное шествие перед домом нового преподавателя. Но отзывы в неразделявших идеи национал-социализма газет были иного рода: его кафедру назвали «кафедрой антисемитизма», а его лекцию покушением на науку.

С этих пор жизнь Гюнтера была связана с национал-социализмом, что имело неприятные последствия. В 1931 году некто Карл Даннбауэр, имея задание убить лидера партии Розенберга, упустил его из вида и принял решение убить Гюнтера. Предпринятая им попытка оказалась неудачной из-за оказанного Гансом Гюнтером сопротивления, хотя Ганс и получил ранение в руку, требующее в последующем длительного лечения.

В 1935 он стал профессором Берлинского Университета, где преподавая расовую науку, человеческую биологию и сельскую этнографию. С 1940 до 1945 он был профессором в Университете Альберта Людвига.

Он получил несколько наград во времена Третьего Рейха, особенно в 1935 году. На партийном съезде 11 сентября 1935 года Розенберг, главный идеолог партии вручил Гюнтеру как первому лауреату премию НСДАП в области науки и подчеркнул в своей речи, что Гюнтер «заложил духовные основы борьбы нашего движения и законодательства Рейха».

В последующие годы Гюнтер получил медаль Рудольфа Вирхова от Берлинского общества этнологии и антропологии, которое возглавлял Ойген Фишер, и был избран в руководство Немецкого философского общества. По случаю 50-летия (16 февраля 1941 года) Гюнтер был награжден медалью Гете и золотым партийным значком. Кроме того, с 1933 года он вошел в Совет по демографии и расовой политике, находившийся в подчинении Вильгельма Фрика, министра внутренних дел и народного образования Тюрингии.

В апреле 1945 года в Тюрингию вошли американцы и заняли виллу Шульце-Наумбурга. Гюнтер, как и другие жители Веймара, несколько недель работал в концлагере Бухенвальд. Когда стало известно, что Тюрингия войдет в советскую зону, Гюнтер с семьей вернулся во Фрайбург.

Три года Гюнтер провел во французском концлагере без суда и следствия. 8 августа 1949 года суд третьей инстанции вынес приговор об освобождении, гласивший, что Гюнтер «всегда действовал в рамках международной науки и никогда не участвовал в травле евреев». Парадокс состоит в том, что главный расолог Третьего Рейха никогда не был членом НСДАП, хотя и был награжден золотым партийным значком.